指挥中心与船舶交通管理中心合署办公，实行一门二牌。

（一）指挥中心

指挥中心是掌握辖区动态海事监管信息，负责实施辖区水上交通管理和组织、相关航行安全保障工作协调、水上交通安全动态信息处理工作的管理部门。

　　1.宣传和贯彻执行国际公约和国内海事法规。
　　2.负责组织辖区春运、防台、旅游旺季、强风大雾等季节性水上安全工作和水上交通安全预警预控工作。
　　3.负责收集辖区锚地、航道、调头区、泊位等水深和码头靠泊能力资料，对进出港船舶适港状况实施监督。
　　4.负责辖区航道、锚地的设置、规划及相关通航管理规定的制定，助航标志设置、撤除、变更计划和方案的审核，参加水上水下工程规划、评估(除码头防污染评估)、验收和建设的论证、会审等。
　　5.负责通航水域岸线安全使用、水上水下活动的审核。
　　6.负责发布航行通告和起草航行警告。
　　7.负责辖区引航监督管理。
　　8.监督辖区通航环境和通航秩序，指挥处置有碍通航秩序、影响通航环境的异常情况，组织查处相关违法行为。
　　9.负责海上巡航、陆上巡查工作的管理。
　　10.履行市海上搜救中心办公室的职责，承担日常值班工作。
　　11.组织、协调辖区内水上交通事故、船舶污染事故、险情等突发公共事件的应急反应和处置。
　　12.负责组织水上交通事故的调查处理工作，负责事故结案和上报工作，负责事故分析统计报表的上报工作。
　　13.负责涉外海事声明、延伸海事声明、海事报告的海事签证工作。
　　14.负责海事处移交的通航类行政处罚案件的办理。
　　15.协助市交通战备办公室做好有关工作。
　　16.组织开展综合性安全管理工作,具体承担综合安全管理、协调及参与地方政府组织的安全活动。
　　17.负责收集汇总职权范围内海事业务的信息资料，做好相关业务的统计、分析、总结和上报工作。
　　18.负责阶段性分析辖区通航安全形势，提出相应监管措施。
　　19.建立健全业务工作台帐，做好业务档案的整理、归档和移交工作。
　　20.完成局领导交办的其它工作。

（二）船舶交通管理中心

船舶交通管理中心是局VTS监控系统的使用和管理部门。

　　1.贯彻执行国家有关海上交通法规法规、政策法规。参与辖区船舶交通管理有关规定的制定。
　　2.参与VTS系统设备的技术改造、设备更新、项目扩建等计划。
　　3.负责收集、评估、处理有关水上交通安全信息，提供有关信息服务。
　　4.组织实施嘉兴交管区内的船舶交通组织，监视船舶、桥梁、设施，维护水上交通秩序，并为船舶、设施提供航行协助服务。
　　5.负责VTS中心所属设备的使用、维修、保养和管理。负责本部门CCTV、VHF、AIS等监控系统的运行管理。
　　6.负责制定系统内部各雷达站的工作制度、操作规程和工作程序。
　　7.负责船舶交管系统有关信息资料的技术数据的汇总、整理统计，建立健全VTS设备系统的技术档案，按时做好存档移交工作。
　　8.负责与大桥管理局建立VTS信息交换方面的联系。
　　9.完成局领导交办的其他工作。